质量认证工作虽然取得了很大成绩，但与国家经济社会发展的需要，与人民群众的期望，与“放管服”改革的要求相比，还存在诸多不适应之处。随着我国经济进入高质量发展阶段，市场监管改革不断推进，质量认证工作所面临的挑战也日显突出。从自身工作来看，主要存在四方面问题 ：
一是认证体系结构不合理，供给质量不高。现有认证制度以满足安全底线要求为主，满足中高端质量需求偏少，高端品质认证刚刚起步，一些认证评价标准偏低，质量提升作用不明显。
二是认证制度设计不完善，改革红利释放不足。一些领域“放管服”改革尚未完全到位，管理方式僵化，评价模式单一，实施程序繁琐，企业获证成本偏高，改革成效与社会期望还有差距。
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三是一些领域存在“认证乱象”，后续监管还不到位。有的机构和人员诚信意识和职业道德缺失，发生买卖证、收红包等行为 ;事中事后监管机制尚不完善，监管手段滞后，监管力量薄弱。
四是认证行业发展不充分，从业机构及人员的专业能力不足。从业机构“小散弱”现象突出，从业人员专业能力存在短板，国内机构与国外巨头相比存在多方面差距。境内检测认证外资机构数量仅占0.8%，市场份额却占8%。我国海外工程项目大约85% 的检测认证业务由国外机构提供。从外部环境来看，主要面临两方面挑战 ：一是国内方面，虽然认证认可的社会需求迅速增长，但社会认知度依然不高、政策措施不配套、法治保障不完善、采信机制不健全。另外由于“放管服”改革尚未完全到位，一些地方和行业类似“认证”的评价活动过多过滥，增加企业制度性交易成本，严重影响认证声誉 ;二是国际方面，虽然我国认证认可正在由大向强转变，但与世界认证认可强国相比仍然存在不小差距，国际组织和标准规则的话语权基本还掌控在发达国家手中，我们刚刚实现国际认证规则“零的突破”，发达国家仍然掌握着认证检测技术的主动权。