近年来，HACCP方法原理已广泛应用于出口食品企业的认证监管中。国家质检总局从2009年就开始提出了探索HACCP监管新模式，努力实现从“产品检验”到“过程监管”的转变。出口食品企业因国外对出口食品的要求，大部分建立并实施了HACCP体系。因此要求监管部门要熟练运用HACCP原理对出口食品企业进行监管。即查找企业管理体系中存在的不足或验证其体系实施的有效性。
监管的一般程序和方法：
1)了解企业基本信息。如食品品种、HACCP体系建立情况、质控小组成员及培训情况、体系实施后的验证和整改措施等;
2)监督人员准备。监督人员应经过相关知识培训，熟悉有关法律法规等;
3)监督人员根据企业生产情况，独立进行危害分析。通过同企业沟通，获取尽可能多的关于质控方面的信息，同时深入生产加工一线，熟悉工艺流程并运用相关知识对每一工序存在的生物的、物理的、化学的危害可能进行分析，完成危害分析工作;
4)判定评价企业的HACCP计划。内容包括是否将监督机构验确定的关键控制点和显著危害列入;是否建立了关键限值，且限值是否合理;是否有关键限值的监控程序、方式和频率;是否有纠偏程序且是否合理;是否童鲨堡鉴剖雾删有整改措施和验证记录等;
5)运用HACCP体系知识确定监管重点。在日常监督检查中，监督人员应重点检查监控程序及记录、纠偏程序、关键控制点、验证程序及整改措施等，目的是确定HACCP计划是否得到正确执行;6)建立企业监管档案并制定整改措施等。因此，监督机构的监管重点有别于企业自己确定的关键控制点，面对出口食品企业千差万别的生产情况，参差不齐的管理水平，必须灵活运用HACCP体系知识，依据产品特点、工艺流程、原料采购、成品检测等各环节确定监督重点。另外，HACCP原理在预防性卫生监督、经常性卫生监督、餐饮业食品卫生监督处罚中也进行了尝试性应用，收到了满意效果。
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